Ende der 1890er Jahre überlegte Johann Krahuletz kurz, seine umfangreiche wissenschaftliche Sammlung zu verkaufen, denn ausländische Interessenten boten ihm beträchtliche Summen. Eggenburger Bürger, darunter der Bürgermeister, der Leiter der Eggenburger Sparkasse, der Notar, der Stadtarzt und der Schuldirektor, gründeten mit anderen Interessierten wie dem Bezirkshauptmann von Horn im November 1900 die Krahuletz-Gesellschaft. Deren Ziel war es, die Sammlungen für Eggenburg zu bewahren.

Gleichzeitig hatte sich die Stadt gegenüber Johann Krahuletz verpflichtet, neben einer Leibrente für ihn auch ein Museum zu errichten – die Stadt wurde dafür Eigentümerin der Sammlungen von Krahuletz. Da die Finanzlage der Stadt einen Museumsbau nicht zuließ, übernahm der neugegründete Verein diese Obliegenheit.

So baute die Krahuletz-Gesellschaft das Krahuletz-Museum, das am 12. Oktober 1902 eröffnet wurde. Schon 1904 besuchte Kaiser Franz Joseph I. das Museum und wurde von Krahuletz durch die Ausstellung geführt. Diesen Besuch hatte der Statthalter von Niederösterreich, Erich Graf Kielmansegg, der auch „Protektor“ des Vereins geworden war, vermittelt.

In bewusster Betonung der Kontinuität nennt sich der Verein bis heute „Krahuletz-Gesellschaft“. Diese betreut bis heute die Sammlungen von Krahuletz, hat aber die Bestände bedeutend vermehrt; die Forschungstätigkeit ist ebenso zentrales Aufgabengebiet. Seit 1999 ist auch das Personal des Museums beim Verein angestellt, bis dahin waren es Gemeindebedienstete.

Das Krahuletz-Museum hat enge wissenschaftliche Kontakte mit der Universität Wien, insbesonders dem Institut für Paläontologie sowie dem Institut für Ur- und Frühgeschichte,  weiters mit der Österreichischen Akademie der Wissenschaften und mit der Universität für Angewandte Kunst, hier besonders in konservatorischen Fragen. Es ist Kompetenzzentrum im Sinne des Museumskonzepts des Landes Niederösterreich und stellt sein inhaltliches und museologisches Wissen anderen Museen zur Verfügung. Zudem war das Krahuletz-Museum unter den ersten 55 Museen österreichweit, die die Anforderungen für das seit 2002 von der ICOM vergebene Museumsgütesiegel erfüllten. Im Rahmen des Österreichischen Museumstags am 9. Oktober 2019 wurde die Verlängerung des Österreichischen Museumsgütesiegels für das Krahuletz-Museum durch die Überreichung einer Urkunde öffentlich bestätigt.

Die Obmänner der Krahuletz-Gesellschaft seit der Gründung:

1900 – 1912: Hans Vollhofer, Vorstand der Sparkasse

1912 – 1934: Dr. Eugen Frischauf, Notar

1934 – 1938: Dr. Josef Strasser, Arzt

1938:             Franz Gamerith, Kaufmann

1938 – 1945: Dr. Eduard Kranner, Rechtsanwalt

1945 – 1955: Franz Schneider, Schuldirektor

1955 – 1962: Dr. Johann Neusser, Notar; geschäftsführend: Kurt Frischauf

1962 – 1965: Prof. Franz Fischer, Lehrer

1966 – 1967: Kurt Frischauf, Lehrer

1967 – 1970: Franz Schäffer, Museumskustos

1970 – 1986: Prof. Dr. Heinrich Reinhart, Arzt

1986 – 1992: Otto Lamatsch, Kaufmann

1992 – 2013: Dr. Dr.h.c. Friedrich Steininger, Universitätsprofessor

seit 2013: Mag. Gerhard Dafert, Landesbeamter

Die Kustoden und Direktoren des Krahuletz – Museums:

bis 1928: Johann Krahuletz

1928 – 1941: Angela Stifft-Gottlieb

1941 – 1947: Dr. Albert Frank

1946 – 1950: Franz Haberl

1949 – 1965: Franz Schäffer

1966 – 1999: Werner Vasicek

1990 – 1998: Dr. Franz Stürmer, Direktor

1999 – 2023: Dr. Johannes Tuzar, Direktor

ab 2023: Mag.^a Susanne Stökl, Direktorin

2007 – 2016: Dr. Franz Pieler, wissenschaftlicher Mitarbeiter

2015 – 2017: Mag. Thomas Atzmüller, wissenschaftlicher Mitarbeiter

ab 2022: Lukas Kerber MA, wissenschaftlicher Mitarbeiter