Neben seinen Objektsammlungen verfügt das Krahuletz-Museum über bedeutende Archivbestände, die bis ins 16. Jahrhundert zurückreichen, zum Großteil aber zu Lebzeiten des Gründers Johann Krahuletz entstanden sind. Dieses Archiv, das nach einer ersten überblicksmäßigen Erfassung rund 28 Laufmeter Archivalien enthält, war bis 2022 weitgehend unbearbeitet. Die Erfassung und Digitalisierung eines ersten Teilbestandes – die über 1100 Schriftstücke zählende Korrespondenz des Museumsgründers – gelang im Rahmen des Projektes „Digitalisierung des Briefarchivs von Johann Krahuletz, Krahuletz-Museum Eggenburg. Erfassung, Bewahrung und open access“ dank der Aufnahme in das Förderprogramm Kulturerbe digital. Seit dem Sommer 2024 ist die Korrespondenz des Museumsgründers online zugänglich, unter:
